Находясь на заброшенной базе Эггмана в поисках его секретного сокровища, Руж натыкается на капсулу и обнаруживает там Шэдоу. У ежа амнезия, и он не помнит совершенно ничего из своего прошлого. Вместе с роботом Е-123-Омегойи Руж пускаются на поиски доктора.
В середине игры за свою команду, Шедоу с непониманием разглядывает электронную версию собственной головы с торчащими из неё проводами. Копия Эггмана лежала там. Когда они ушли она превратилась в Метал Соника, который скопировал его способности.
В конце игры за эту команду, на другой Эггмановской базе обнаруживается большое количество таких же тёмных ежей. Все являются роботами-андроидами, созданными доктором.